En una reunión extraordinaria de la junta directiva del Consejo Latinoamericano de Iglesias (CLAI), llevada a cabo el 27 de julio, Milton Mejía fue elegido por unanimidad como secretario general del CLAI.
Mejía es miembro de la Iglesia Presbiteriana de Colombia, que por su parte es miembro de la Comunión Mundial de Iglesias Reformadas (CMIR). 
“Como moderador de la IPC y como vicepresidente de la CMIR, para nosotros, la elección de nuestro compañero Milton Mejía como secretario general del CLAI es un hecho muy importante,” dijo Helis Barraza Díaz, “especialmente en el contexto de nuestro país, donde necesitamos que organismos ecuménicos estén muy pendientes de los resultados de estos diálogos de paz.”
“[Contar con] una persona como Milton Mejía, al frente del CLAI, que es conocedor de nuestra realidad y un comprometido por la paz en nuestro país, es de mucha relevancia,” añadió Barraza Díaz.
“Para AIPRAL el fortalecimiento y el bienestar de CLAI es esencial,” dijo Darío Barolin, secretario ejecutivo de AIPRAL. “No concibo otra manera de entender la entidad reformada sino ecuménicamente. En tal sentido nos da muchas esperanzas que Milton, a quien conocemos personalmente y que ha trabajado en muchos ámbitos tanto reformados como ecuménicos, haya sido elegido para acompañar desde la secretaria general el camino de las iglesias y organismos de CLAI.”
Actualmente, Mejía coordina el programa de CLAI Fe, Economía, Ecología y Sociedad. Ha sido fundador y miembro de la Secretaría de la Red Ecuménica de Colombia y del Diálogo Intereclesial de las Iglesias por la Paz en Colombia. Además, es profesor de teología de la Corporación Universitaria Reformada y profesor invitado de otras instituciones teológicas. Fue miembro de la Red Global de Trabajo con Desarraigados del Consejo Mundial de Iglesias en representación del CLAI, entre muchas otras responsabilidades.
“América Latina necesita un espacio como el de CLAI donde las familias confesionales puedan encontrarse y actuar en conjunto en nuestro continente,” dijo Barolin. “La elección de Milton nos invita a la familia reformada a un esfuerzo doble para poder acompañarlo en su tarea y que ésta sea de servicio a todas y cada una de las iglesias miembros en esa bella y desafiante diversidad que tiene CLAI.”
Chris Ferguson, secretario general de la CMIR, coincidió, afirmando que “Milton cuenta con el total apoyo y solidaridad de la CMIR en estos tiempos desafiantes por venir. Él es la persona indicada para estos tiempos kairos de crisis global.”